p21-to-OMOP ETL-Prozess

zuletzt aktualisiert
03.05.2024

Produktdetails

Datum der Erstverfügbarkeit
Version/Versionsdatum
v1.0
Lizenzmodell
Apache-2.0 license
Preis
kostenlos
Support
Community
Technische Voraussetzungen
OMOP CDM v5.3.1
Docker
Docker-Compose
§21-Datensatz
DOI
doi:10.3205/22gmds057

Beschreibung

Gemäß § 21 Abs. 4 und Abs. 5 KHEntgG sind Krankenhäuser in Deutschland verpflichtet, ihre Leistungsdaten (DRG-Daten) an das Datenportal des Instituts für das Entgeltsystem im Krankenhaus (InEK) zu übermitteln. Die Daten des §21-Datensatzes werden als CSV-Dateien in einem standardisierten Datenformat zur Verfügung gestellt. Die folgende Tabelle gibt einen Überblick über die beinhalteten Daten.

§21-Datensatz
Daten nach §21 KHEntgG Datei
Krankenhausbezogene Daten
  • Krankenhaus
  • Pflegepersonal
  • Fusionen
  • Ausbildung
  • Abrechnung
Medizinische Daten des Behandlungsfalls
  • Fall
  • FAB
  • ICD
  • OPS
  • LEI
  • Modellvorhaben
Entgeltdaten des Behandlungsfalls
  • Entgelte

Um die Daten auch für internationale Studien nutzen zu können, ist eine Transformation in ein standardisiertes internationales Format notwendig, wie zum Beispiel das standardisierte Forschungsdatenrepository Observational Medical Outcomes Partnership OMOP Common Data Model (CDM) der Observational Health Data Sciences and Informatics OHDSI. OMOP CDM verfügt über international standardisierte Terminologien und umfangreiche Tools z.B. zur Kohortendefinition, für maschinelles Lernen oder statistische Analysen. 

Für die Transformation des §21-Datensatzes nach OMOP CDM wurde ein Extract, Transform, Load (ETL)-Prozess mit der Software Pentaho Data Integration implementiert. Für die Anwendung an anderen Standorten wurde der ETL-Prozess dockerisiert, damit er systemunabhängig ausgeführt werden kann. In der aktuellsten Version v1.0 des ETL-Prozesses ist das Mapping des §21-Datensatzes auf die Dateien Fall.csv, FAB.csv, ICD.csv und OPS.csv beschränkt.

Neben dem bereits existierenden FHIR-to-OMOP ETL-Prozess https://doi.org/10.1016/j.ijmedinf.2022.104925, welcher eine Harmonisierung des Kerndatensatzes der Medizininformatik-Initiative (MII) in OMOP CDM ermöglicht, befähigt der p21-to-OMOP ETL-Prozess zusätzlich auch andere deutsche nicht-universitäre Krankenhäuser außerhalb der MII ihre Daten nach OMOP CDM zu transformieren.

 

Das Produkt im Einsatz

Der ETL-Prozess wurde von zehn Universitätskliniken im Rahmen des MIRACUM-Konsortiums erfolgreich getestet.

 

Im Rahmen des Digitalen FortschrittsHub Gesundheit "Medical Informatics Hub in Saxony" MiHUBx wurde eine retrospektive Studie zur Beantwortung einer medizinischen Fragestellung zur COVID-19-bezogenen Veränderung der Diagnosezahlen für diabetesbedingte Augenerkrankungen durchgeführt https://doi.org/10.3390/nu14102016. Für das teilnehmende außeruniversitäre Klinikum Chemnitz gGmbH erfolgte die Überführung von in der Routineversorgung dokumentierten medizinischen Falldaten nach OMOP CDM auf Basis des p21-to-OMOP ETL-Prozesses.

Erfahrungsberichte

Eigenen Erfahrungsbericht verfassen

Referenzen

  • M. Zoch, E. Henke, I. Reinecke, Y. Peng, R. Gebler, M. Gruhl, and M. Sedlmayr, Extract, Transform and Load German Claim Data to OMOP CDM – Design and Implications, in: German Medical Science GMS Publishing House, 2022: p. DocAbstr. 153. https://doi.org/10.3205/22GMDS057.
  • Bathelt, F.; Reinecke, I.; Peng, Y.; Henke, E.; Weidner, J.; Bartos, M.; Gött, R.; Waltemath, D.; Engelmann, K.; Schwarz, P.E.; Sedlmayr, M. Opportunities of Digital Infrastructures for Disease Management—Exemplified on COVID-19-Related Change in Diagnosis Counts for Diabetes-Related Eye Diseases. Nutrients 2022, 14, 2016. https://doi.org/10.3390/nu14102016

Kommentare

Um einen Kommentar verfassen zu können, müssen Sie sich zunächst anmelden!