synaptor BioCore Studio

Dieses Produkt befindet sich in der Testphase und wird bisher nur vom Hersteller eingesetzt.
zuletzt aktualisiert
16.09.2024

Themen

Molekulare Hochdurchsatz-Analysen
Sekundärnutzung klinischer Daten
Cloud-Computing

Projektphase

Durchführung & Betrieb

Auf dieser Seite

synaptor BioCore Studio ist eine Web-Anwendung zur Erstellung, Automatisierung und Parallelisierung von sogenannten Pipelines. Pipelines bestehen aus mehreren Befehlen bzw. Linux-Tools welche hintereinander geschaltet werden um Daten jeglicher Art zu prozessieren. So können schnell und einfach Module zur Datenverarbeitung, Modellierung, Analyse oder Visualisierung erstellt und ausgeführt werden. Die Anwendung kann intuitiv bedient werden und es sind keine Programmierkenntnisse erforderlich.

English:
synaptor BioCore Studio is a web application for the creation, automation and parallelization of so-called pipelines. Pipelines consist of several commands or Linux tools which are connected in series to process data of any kind. This way modules for data processing, modeling, analysis or visualization can be created and executed quickly and easily. The application can be operated intuitively and no programming knowledge is required.

Produktdetails

Datum der Erstverfügbarkeit
Version/Versionsdatum
2019-12-01
Lizenzmodell
Mietmodell
Preis
auf Anfrage
Support
Herstellersupport
Technische Voraussetzungen
Bei der lokalen Installation auf der eignen Hardware ist ein Kubernetes-Cluster notwendig
synaptor BioCoreStudio kann auch durch Biovariance in der Cloud bereitgestellt werden
DOI
https://doi.org/10.3390/data4020083
https://biovariance.com

Beschreibung

Die in BioCore Studio erstellten Pipelines zur Prozessierung von Daten werden in einem Kubernetes-Cluster ausgeführt. Das hat den Vorteil, dass die gesamte Kapazität des Clusters ohne großen Aufwand skaliert und optimal ausgenutzt werden kann. BioCore Studio kann sowohl über die Cloud verwendet werden, als auch lokal auf der eigenen Hardware installiert werden. BioCore Studio ist für alle Datentypen geeignet. 

BioCore Studio kann für wiederkehrende Datenverarbeitungsprozesse verwendet werden, um diese zu automatisieren und parallel ablaufen zu lassen. Per "Drag & Drop" können dabei unterschiedliche Analyseschritte zu einer Pipeline zusammengebaut werden, ohne dass Programmierkenntnisse erforderlich sind. Auch Verzweigungen, also alternative Pipelines, die in Abhängigkeit von einem bestimmten Ereignis automatisch ausgewählt werden, sind möglich. Über die grafische Benutzeroberfläche kann zudem der Fortschritt einer laufenden Pipeline verfolgt werden. 

Jede ausgeführte Pipeline wird mit den gewählten Parametern und Ereignissen gespeichert, so dass Ergebnisse stets nachvollzogen werden können. 

Gerne stellen wir Ihnen BioCore Studio detaillierter vor und unterstützen Sie bei der Einrichtung der Anwendung speziell für Ihre Bedürfnisse.

Das Produkt im Einsatz

Das Produkt wird momentan bei BioVariance intern zur Analyse von NGS-Daten (genetische Daten) eingesetzt. Dabei dienen Sequenz-Dateien als Eingangsdateien. Nachdem die Pipeline durchlaufen wurde, wird ein personalisierter Bericht mit Medikationsempfehlungen zur Krebstherapie auf Grundlage des genetischen Hintergrunds ausgegeben.

Unterstützung

inklusive

  • Funktionale Updates
  • Wartung

optional

  • Unterstützung bei der Einrichtung und Installation 
  • telefonische Hotline 
  • Individuelle Weiterentwicklung (neue Features/Module)
  • Agile Entwicklung

Erfahrungsberichte

Eigenen Erfahrungsbericht verfassen

Referenzen

Schlagworte

Kommentare

Um einen Kommentar verfassen zu können, müssen Sie sich zunächst anmelden!