p21-to-OMOP ETL-Prozess

Gemäß § 21 Abs. 4 und Abs. 5 KHEntgG sind Krankenhäuser in Deutschland verpflichtet, ihre Leistungsdaten (DRG-Daten) an das Datenportal des Instituts für das Entgeltsystem im Krankenhaus (InEK) zu übermitteln. Die Daten des §21-Datensatzes werden als CSV-Dateien in einem standardisierten Datenformat zur Verfügung gestellt. Die folgende Tabelle gibt einen Überblick über die beinhalteten Daten.

Um die Daten auch für internationale Studien nutzen zu können, ist eine Transformation in ein standardisiertes internationales Format notwendig, wie zum Beispiel das standardisierte Forschungsdatenrepository Observational Medical Outcomes Partnership OMOP Common Data Model (CDM) der Observational Health Data Sciences and Informatics OHDSI. OMOP CDM verfügt über international standardisierte Terminologien und umfangreiche Tools z.B. zur Kohortendefinition, für maschinelles Lernen oder statistische Analysen. 

Für die Transformation des §21-Datensatzes nach OMOP CDM wurde ein Extract, Transform, Load (ETL)-Prozess mit der Software Pentaho Data Integration implementiert. Für die Anwendung an anderen Standorten wurde der ETL-Prozess dockerisiert, damit er systemunabhängig ausgeführt werden kann. In der aktuellsten Version v1.0 des ETL-Prozesses ist das Mapping des §21-Datensatzes auf die Dateien Fall.csv, FAB.csv, ICD.csv und OPS.csv beschränkt.

Neben dem bereits existierenden FHIR-to-OMOP ETL-Prozess https://doi.org/10.1016/j.ijmedinf.2022.104925, welcher eine Harmonisierung des Kerndatensatzes der Medizininformatik-Initiative (MII) in OMOP CDM ermöglicht, befähigt der p21-to-OMOP ETL-Prozess zusätzlich auch andere deutsche nicht-universitäre Krankenhäuser außerhalb der MII ihre Daten nach OMOP CDM zu transformieren.