Das Portal konnte im Rahmen einer Förderung durch das BMBF (FKZ 01GI1003) aufgebaut werden. Der Betrieb wird aktuell im Rahmen einer Förderung durch die DFG (FKZ KR 1093/10-1) unterstützt.
Konzeption und Betrieb sind eng mit der TMF-Arbeitsgruppe IT-Infrastruktur und Qualitätsmanagement (AG IT-QM) und mit dem IT-Reviewing-Board der TMF verknüpft, das eine jährliche Bestands- und Bedarfsanalyse zu den IT-Infrastrukturen (IT-Report) in der patienten-orientierten medizinischen Forschung erarbeitet.
Der ToolPool Gesundheitsforschung wird von der TMF betrieben. Ein Kuratorium, das sich aus Mitgliedern der AG IT-QM und des IT-Reviewing-Board sowie Vertretern des TMF-Vorstands und des Redaktionsteams zusammensetzt. Das Portal ist offen für Lösungen, Tools und Services verschiedener Institutionen und Anbieter. Für die Auswahl und Bewertung der Produkte wurde ein Kriterienkatalog entwickelt, der bei Bedarf angepasst wird.