Wenn alle behördlichen Genehmigungen vorliegen, alle internen Regelungen getroffen und alle Partner an Bord sind, kann die Datensammlung für das Forschungsprojekt beginnen oder die Forschungsinfrastruktur ihren Routinebetrieb aufnehmen. In dieser Phase müssen die regelmäßig anfallenden Aufgaben durch IT unterstützt werden. Es fallen Audits durch Behörden an oder es muss auf aktuelle regulatorische Entwicklungen reagiert werden. Damit die Daten, die im Rahmen eines Infrastrukturvorhabens beispielsweise in Registern, Kohorten, Biobanken gesammelt werden, für die Forschung nutzbar zu machen, müssen nun entsprechende Nutzungsordnungen erarbeitet und abgestimmt werden. Die Daten und Proben müssen für Analysen aufbereitet und ihre Qualität gesichert werden. Eine besondere Herausforderung stellt die Datenintegration und -zusammenführung aus den verschiedenen IT-Systemen in medizinischer Forschung und Patientenversorgung dar.
Der Übergang aus der Start- in die Durchführungs- oder Betriebsphase ist fließend. Gerade zu Beginn der Durchführung tauchen immer noch zahlreiche neue Fragen und Herausforderungen auf. Für diese Phase stehen zahlreiche IT-Werkzeuge und Musterdokumente zur Verfügung, in die die Arbeit und Erfahrung vieler medizinischer Forscher aus den vergangenen 15 Jahren eingeflossen ist. Lösungen für neue regulatorische Vorgaben können häufig mit anderen Projekten gemeinsam entwickelt und dann auf die spezifischen Gegebenheiten des eigenen Projektes angepasst werden. Hierfür und für den strukturierten Austausch von Erfahrungen betreiben die TMF und mehrere Partnerorganisationen Arbeitsgruppen zu verschiedenen Themen.