XNAT
Produktdetails
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Beschreibung
XNAT ist eine Plattform zur Bildverarbeitung in medizinischen Studien, insbesondere von MRT-Daten. Dabei werden die Daten üblicherweise im DICOM-Format direkt vom Scanner, aber auch von anderen Client-Anwendungen oder via direkten Upload in XNAT hochgeladen. Bereits beim Upload können identifizierende Daten aus den DICOM-Dateien entfernt werden, oder die Daten in andere Formate umgewandelt werden.
Den Kern von XNAT bildet ein Bildarchiv mit dazugehöriger Web-Anwendung. Es können beliebig viele Projekte angelegt und Nutzerrollen definiert werden. Darüber hinaus werden Mechanismen zum Veröffentlichen der Daten angeboten. Zu den Bilddaten können Formulare für Metadaten definiert werden, außerdem können Analyseergebnisse externer Tools wieder in XNAT hochgeladen und den Bildern zugeordnet werden.
Die eigentliche Stärke von XNAT sind die Erweiterbarkeit in Form von Plugins, die zusätzlichen Client-Anwendungen und die Schnittstellen zur automatisierten Verarbeitung von Bilddaten im Rahmen von Pipelines oder durch entsprechende API-Aufrufe.
Es existieren viele qualitativ hochwertige Plugins, z. B. der integrierte DICOM-Viewer mit Möglichkeit zur Auswahl von Regions of Interest, zur Annotation und verschiedenen Formen der 3D-Ansicht. Ein besonders nutzerfreundlicher Desktop-Client ermöglicht das Hochladen vieler Datensätze auf einmal, z. B. von einer CD.
Das Produkt im Einsatz
XNAT wird eingesetzt im Human Connectome Project, an der Johns Hopkins University oder in Deutschland am Deutschen Zentrum für Neurodegenerative Erkrankungen oder der Universitätsmedizin Leipzig. Auf der Webseite von XNAT findet sich eine umfangreiche Liste von Anwendern.
Unterstützung
Es existiert eine aktive Community, die bei Fragen und Problemen meist schnell und hilfreich unterstützt. Durch die weite Verbreitung von XNAT gibt es auch viele Ressourcen im Internet mit weiteren Informationen, zusätzlich zur exzellenten Online-Dokumentation auf der XNAT-Webseite.
Referenzen
Es finden jährliche Workshops mit umfangreichem Programm statt, z. B. 2022 in London
Weitere Merkmale
Der Kern von XNAT ist in Java programmiert, eine Erweiterung ist über die API-Schnittstellen jedoch in vielen Programmierumgebungen möglich, z. B. in Python via pyxnat
Es existiert eine separate Version von XNAT, XNAT-ML, mit tiefer Integration von Machine Learning Tools, insbesondere der NVIDIA Clara Suite. Dies ermöglicht u.a. die interaktive Auswahl bestimmter Hirnregionen.
Via Pipelines und/oder durch Nutzung der API können aber auch in einer Standard-XNAT-Installation beliebige externe Tools von XNAT aus genutzt werden.
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