Zusammenfassung
Ansprechperson
Beschreibung
SEEK ist eine Open Source-Software zum Datenmanagement unterschiedlicher wissenschaftlicher Daten, die im Rahmen der FAIRDOM Initiative entwickelt wird. Basierend auf dem ISA Framework folgt es dem in der biomedizinischen Forschung genutzten Hierarchiesystem aus Investigation, Study und Assay und ist ursprünglich zur Ablage von Daten, Modellen/Simulationen und Analyseergebnissen entwickelt worden. Eine allgemeine Nutzung der Software zur Datenablage in z.B. nicht rein biomedizinischen Forschungsprojekten ist jedoch möglich. Daten können als Dateien oder Verknüpfungen zu externen Quellen im System abgelegt werden. Beziehungen dieser Daten können über die ISA-Hierarchie hinaus beliebig angelegt und somit etwa Datenverknüpfungs- oder Datensäuberungsschritte abgebildet werden. Durch eine detaillierte Nutzerverwaltung können Zugriffe geregelt werden. Metadaten und Versionierung ermöglichen eine Nachnutzbarkeit der Daten.
Die Software wird über eine nutzerfreundliche Web-Applikation administriert, die die Transparenz der Zugriffsrechte und Datenzuständigkeit in den Mittelpunkt stellt. Reiner Datenzugriff kann auch über die angebotene RESTful-Schnittstelle erfolgen.
Das Produkt im Einsatz
SEEK kann lokal in einer Forschungsumgebung installiert werden. Da eines der ursprünglichen Ziele der Software die Förderung der Vorbereitung und tatsächliche Veröffentlichung von Forschungsergebnissen war, wird unter fairdomhub.org eine allgemeinzugängliche SEEK-Instanz angeboten, die auch ohne Anmeldung das Browsen zahlreicher Forschungsprojekte ermöglicht.
Referenzen
Wolstencroft, Katherine; Owen, Stuart; Krebs, Olga; Nguyen, Quyen; Stanford, Natalie J.; Golebiewski, Martin et al. (2015): SEEK. A systems biology data and model management platform. In: BMC Syst Biol 9, S. 33. DOI: 10.1186/s12918-015-0174-y.
Wolstencroft, Katherine; Krebs, Olga; Snoep, Jacky L.; Stanford, Natalie J.; Bacall, Finn; Golebiewski, Martin et al. (2017): FAIRDOMHub. A repository and collaboration environment for sharing systems biology research. In: Nucleic acids research 45 (D1), D404-D407. DOI: 10.1093/nar/gkw1032.