cBioPortal - Basisversion

zuletzt aktualisiert
12.02.2024

Themen

Biobanken
Forschungsdatenmanagement

Projektphase

Durchführung & Betrieb

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cBioPortal ist eine Open Source Web-Plattform, die in der Krebsforschung und der Genomik weit verbreitet ist und die Datenexploration und -analyse durch eine Vielzahl von Visualisierungs- und Analyseoptionen erleichtert. Mit cBioPortal können Benutzer umfassende Einblicke in die molekularen Profile von Tumoren erhalten und integrierte klinische Informationen nutzen, um personalisierte Therapieansätze zu entwickeln, prognostische Indikatoren zu identifizieren und neue therapeutische Zielmoleküle zu entdecken.

English:
cBioPortal is an open source web platform widely used in cancer research and genomics that facilitates data exploration and analysis through a variety of visualization and analysis options. With cBioPortal, users can gain comprehensive insights into tumor molecular profiles and use integrated clinical information to develop personalized therapeutic approaches, identify prognostic indicators, and discover novel therapeutic targets.

Produktdetails

Datum der Erstverfügbarkeit
Version/Versionsdatum
v5.4.10 / 12.12.2023
Lizenzmodell
GNU Affero General Public License v3.0 (https://github.com/cBioPortal/cbioportal/blob/master/LICENSE)
Preis
kostenlos
Support
Community
Technische Voraussetzungen
Docker (empfohlen), Git
MySQL, MongoDB, Java, Apache Maven
https://docs.cbioportal.org/deployment/
DOI
10.1126/scisignal.2004088
https://github.com/cBioPortal/cbioportal
https://docs.cbioportal.org/
https://www.cbioportal.org/

Beschreibung

cBioPortal wurde vom Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSKCC) entwickelt, um die Analyse und Interpretation komplexer genetischer Krebsdaten zu erleichtern. Es ermöglicht den Nutzern, Datensätze über Gene, Proben und Datentypen hinweg abzufragen und verschiedene biologisch und/oder klinisch relevanter Hypothesen zu untersuchen oder zu generieren.

Zu den Kernfunktionen gehören:

  • Erstellung detaillierter genomischer Tumorprofile durch die Integration von Daten aus verschiedenen Quellen
  • Verknüpfung genetischer Veränderungen mit klinischen Informationen zur Erstellung von Prognosen
  • Eine breite Palette von Visualisierungstools zur Identifizierung von Mustern und Zusammenhängen in den Daten
  • Zugang zu umfassenden öffentlichen genetischen Datenbanken, darunter TCGA

Zusätzlich zu dem öffentlich verfügbaren cBioPortal https://www.cbioportal.org/, welches eine Vielzahl von öffentlichen Datensätzen aus TCGA- und anderen groß angelegten Genomstudien beherbergt, kann die Software auch in lokalen Forschungsumgebungen eingesetzt werden. Dadurch wird es möglich, genomische Daten mit klinischen Patientendaten in Relation zu bringen und cBioPortal zum Beispiel als Unterstützung der Prozesse in Molekularen Tumorboards einzusetzen (https://www.toolpool-gesundheitsforschung.de/produkte/mtb-cbioportal)

Das Produkt im Einsatz

Ein lokales cBioPortal wird an der Universitätsmedizin Göttingen im Rahmen der Klinischen Forschergruppe 5002 (KFO5002), s. https://gccc.umg.eu/kfo5002/, innerhalb einer Forschungsumgebung eingesetzt.

Erfahrungsberichte

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Referenzen

Cerami et al. The cBio Cancer Genomics Portal: An Open Platform for Exploring Multidimensional Cancer Genomics Data. Cancer Discovery. May 2012 2; 401.

Gao et al. Integrative analysis of complex cancer genomics and clinical profiles using the cBioPortal. Sci. Signal. 6, pl1 (2013).

de Bruijn et al. Analysis and Visualization of Longitudinal Genomic and Clinical Data from the AACR Project GENIE Biopharma Collaborative in cBioPortal. Cancer Res (2023).

Rheinländer et al. FAIR data management in clinical research. Integrating patient and genomic cancer data with cBioPortal. GMS Ger Med Sci (2023)

 

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