MTB-cBioPortal

zuletzt aktualisiert
05.10.2023

Produktdetails

Datum der Erstverfügbarkeit
Version/Versionsdatum
2022Q2 (10.08.2022) // 4.1.13
Lizenzmodell
GPLv3
Preis
kostenlos
Support
Community
Technische Voraussetzungen
Betriebsystem: Linux
Installierte Software: Docker, docker-compose >1.24.0 oder Podman
CPU: mindestens 2 Kerne, empfohlen 4 Kerne
RAM: mindestens 8GB, empfohlen 16GB
Festplattenspeicher: mindestens 100GB
DOI
10.1158/2159-8290.CD-12-0095 10.1126/scisignal.2004088 10.3233/SHTI210833

Beschreibung

cBioPortal wird maßgeblich vom Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK) entwickelt und ist inzwischen ein Open-Source-Projekt, dessen Quellcode öffentlich auf GitHub verfügbar ist.

cBioPortal ist eine Webanwendung, die die Erforschung, Visualisierung und Analyse von hochdimensionalen Omics-Daten speziell in der Krebsforschung und -behandlung vereinfachen will, um Anfragen auch ohne umfangreiches Vorwissen in der (Bio-)Informatik zu ermöglichen. Dabei soll nicht nur die Hürde beim Arbeiten mit den hochkomplexen Daten gesenkt, sondern auch die Übertragung in neue biologische und medizinische Erkenntnisse und Anwendungen beschleunigt werden. Im Portal werden die Rohdaten der molekularen Profilierung auf genetische, epigenetische, Genexpressions- und proteomische Events reduziert, die damit einfacher zu bearbeiten und zu verstehen sind. Veränderungen und Auffälligkeiten können über verschiedene Samples, Gene und Omics-Level analysiert und – wenn verfügbar – mit klinischen Daten verknüpft werden.

Die MIRACUM-Version von cBioPortal wurde darüber hinaus mit Funktionalitäten ergänzt, die für das molekulare Tumorboard relevant sind. Maßgeblich sind die Studiensuche über ClinicalTrials.gov, die Möglichkeit der Dokumentation der Therapieempfehlung und Followup des Molekularen Tumorboards direkt aus der cBioPortal-Oberfläche heraus. Zusätzlich sind eine Vielzahl kleinerer Anpassungen und Erweiterungen enthalten, die die Vorbereitung und Durchführung von Molekularen Tumorboards erleichtern sollen, wie z.B. die Anzeige des europäischen Zulassungsstatus von potenziellen Wirkstoffen.

Das Produkt im Einsatz

Ausgerollt und evaluiert wird MIRACUM-cBioPortal im Rahmen der Medizininformatik Initiative an folgenden Standorten:

  • MIRACUM UC3 Standorte
  • Universitätsklinikum Schleswig-Holstein
  • Universitätsklinikum Halle
  • BZKF Standorte

Erfahrungsberichte

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Kommentare

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