CEDAR - Center for Expanded Data Annotation and Retrieval

zuletzt aktualisiert
29.12.2023

Themen

Metadaten und Metadata Repositories

Projektphase

Durchführung & Betrieb

Auf dieser Seite

CEDAR kann Metadaten an ein bestehendes Repository übermitteln oder als vollwertiges Metadaten-Repository dienen. Das CEDAR Metadata Center ist ein öffentlich verfügbares Metadaten-Repository basierend auf dem Open Source Code des CEDAR Projekts, betrieben durch die Stanford University. Im Metadata Center können Metadaten nach bestehenden Standards oder anhand von benutzerspezifischen Vorlagen erfasst werden.

English:
CEDAR can submit metadata to an existing repository or serve as a full metadata repository. The CEDAR Metadata Center is a publicly available metadata repository based on the open source code of the CEDAR project, operated by Stanford University. In the Metadata Center, metadata can be recorded according to existing standards or on the basis of user-specific templates.

Produktdetails

Datum der Erstverfügbarkeit
Version/Versionsdatum
2.6.33/29.06.2023
Lizenzmodell
Open Source License Leland Stanford Junior University
Preis
kostenlos
Support
Community
DOI
10.1093/jamia/ocv048
CEDAR Metadata Center
CEDAR Documentation
CEDAR Project Release 2.6.33

Beschreibung

Das Center for Expanded Data Annotation and Retrieval (CEDAR) wurde 2014 gegründet, um ein rechnergestütztes Ökosystem für die Entwicklung, Bewertung, Nutzung und Verfeinerung biomedizinischer Metadaten zu schaffen.

CEDAR ermöglicht die Erstellung von Metadatenvorlagen, die die Datenelemente definieren, die zur Beschreibung bestimmter Arten von biomedizinischen Experimenten erforderlich sind. Die Vorlagen enthalten kontrollierte Begriffe und Synonyme für bestimmte Datenelemente.  CEDAR verwendet eine Bibliothek solcher Vorlagen, um Wissenschaftlern dabei zu helfen, kommentierte Datensätze an geeignete Online-Datenspeicher zu übermitteln. Auch eine Verknüpfung zu BioPortal ist möglich. CEDAR ist ein End-to-End-Prozess, der eine kollaborative Erstellung von Metadatenvorlagen ermöglicht, es Forscher und Kuratoren erlaubt (unter Verwendung dieser Vorlagen) Metadaten für einzelne Experimente zu definieren und diese Metadaten dann für Wissenschaftler durchsuchbar macht.

Die für CEDAR entstanden Open Source Entwicklungen sind im CEDAR Project gebündelt. Es stellt Releases und Docker Images für eine lokale installation bereit. Darauf aufbauend stellt die Stanford University das CEDAR Metadata Center als vollwertiges, öffentliches Metadaten-Repository zur Verfügung.

Das Produkt im Einsatz

Das CEDAR Metadata Center wird von der GO FAIR Fundation zur Durchführung der Metadata for Machines (M4M) Workshops genutzt. In diesem Rahmen erstellte die niederländische Förderorganisation für Innovation und Forschung im Gesundheitswesen, ZonMw, Vorlagen in CEDAR um Metadaten zu geförderten COVID-19 Projekten FAIR verfügbar zu machen. Dabei entstanden mehrere Templates in CEDAR sowie entsprechende Guidelines zu deren Nutzung. M4M bietet dazu eine hier eine Übersicht.

 

Unterstützung

CEDAR Project

GitHub - Developer Documentation - Install Guide -  Lizenz - Weitere Referenzen

CEDAR Matadata Center

API Dokumentation - Manual - FAQ

Erfahrungsberichte

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Referenzen

Wissenschaftliche Publikationen zu CEDAR.

Weitere Merkmale

This work was supported by grant 1U54AI117925 from the National Institutes of Health through the Big Data to Knowledge initiative.

Schlagworte

Kommentare

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