MTB-cBioPortal

cBioPortal wird maßgeblich vom Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK) entwickelt und ist inzwischen ein Open-Source-Projekt, dessen Quellcode öffentlich auf GitHub verfügbar ist.

cBioPortal ist eine Webanwendung, die die Erforschung, Visualisierung und Analyse von hochdimensionalen Omics-Daten speziell in der Krebsforschung und -behandlung vereinfachen will, um Anfragen auch ohne umfangreiches Vorwissen in der (Bio-)Informatik zu ermöglichen. Dabei soll nicht nur die Hürde beim Arbeiten mit den hochkomplexen Daten gesenkt, sondern auch die Übertragung in neue biologische und medizinische Erkenntnisse und Anwendungen beschleunigt werden. Im Portal werden die Rohdaten der molekularen Profilierung auf genetische, epigenetische, Genexpressions- und proteomische Events reduziert, die damit einfacher zu bearbeiten und zu verstehen sind. Veränderungen und Auffälligkeiten können über verschiedene Samples, Gene und Omics-Level analysiert und – wenn verfügbar – mit klinischen Daten verknüpft werden.

Im Rahmen des UseCase 3 des MIRACUM-Konsortiums wurde cBioPortal darüber hinaus mit Funktionalitäten ergänzt, die für das molekulare Tumorboard relevant sind. Maßgeblich sind die Studiensuche über ClinicalTrials.gov, die Möglichkeit der Dokumentation der Therapieempfehlung und Followup des Molekularen Tumorboards direkt aus der cBioPortal-Oberfläche heraus. Zusätzlich sind eine Vielzahl kleinerer Anpassungen und Erweiterungen enthalten, die die Vorbereitung und Durchführung von Molekularen Tumorboards erleichtern sollen, wie z.B. die Anzeige des europäischen Zulassungsstatus von potenziellen Wirkstoffen.

Das PM4Onco Konsortium führt nun die Weiterentwicklung fort. Der neue Schwerpunkt liegt hier auf der Visualisierung komplexer Biomarker, Kohortenbildung, sowie der Ähnlichkeitssuche auf Basis der molekularen Daten.