Zusammenfassung
Ansprechperson
Beschreibung
In der (bio-)medizinischen Forschung müssen unterschiedlichste Daten aus verschiedenen Systemen, Softwaren und Disziplinen zusammengeführt werden. Die Forschungsplattform i2b2/tranSMART verbindet das Angebot eines (bio-)medizinischen Data-Warehouses zur Ablage solcher Daten mit einfach zu nutzenden Abfrage- und Analysetools. Die Plattform hilft den Prozess der Datenbereinigung und -vereinheitlichung für ein Forschungsvorhaben an einer Stelle zu bündeln und die Ergebnisse allen Beteiligten zur Verfügung zu stellen.
Die Plattform bietet ein übersichtliches Query-Tool-Webinterface zur Kohortensuche und -bildung. Die so selektierten Daten können visuell oder in Tabellenform untersucht und exportiert werden. Mithilfe eines Importtools können korrekt formatierte Daten unterschiedlichster Quellen (Behandlungsdaten, Fragebögen, Omicsdaten etc.) gemeinsam integriert werden. Zusätzlich zur reinen visuellen Datenbetrachtung bietet die Web-GUI interaktive, statistische Analysen. Da diese serverseitig in R ausgeführt werden, können sie individuell an Forschungsfragen angepasst werden.
Die Entwicklung des Open-Source-Projekts wird von der i2b2 tranSMART Foundation koordiniert. Derzeit werden zu den beiden Produkten i2b2 und tranSMART eigene Versionen veröffentlicht. Die Veröffentlichung einer kombinierten Version ist in Planung.
Das Produkt im Einsatz
Durch Unterstützung der TMF werden seit 2009 durch die Forschungsstandorte Erlangen und Göttingen nationale und europaweite i2b2-User-Treffen gestaltet. Weiter förderte die TMF die Entwicklung von Tools zur einfachen Installation und dem Laden von Daten in i2b2 (IDRT). Deutsche Installationen von tranSMART wurden u.a. in Erlangen (Publikation), Heidelberg (Publikation) und Göttingen (Publikation) publiziert.
In einem gemeinsamen Anwendungsfall der Medizininformatik-Initiative wird i2b2 in mehreren Standorten ausgerollt, um die Aggregation von lokalen Behandlungsdaten durchzuführen (AG Interoperabilität). Innerhalb des HiGHmed-Projekts der Medizininformatik-Initiative sollen externen Forschern Data-Marts zur Verfügung gestellt werden, welche tranSMART zum Durchsuchen und Analysieren verwenden.
Referenzen
Murphy, Shawn N.; Weber, Griffin; Mendis, Michael; Gainer, Vivian; Chueh, Henry C.; Churchill, Susanne; Kohane, Isaac (2010): Serving the enterprise and beyond with informatics for integrating biology and the bedside (i2b2). In: J Am Med Inform Assoc 17 (2), S. 124–130. DOI: 10.1136/jamia.2009.000893.
Scheufele, Elisabeth; Aronzon, Dina; Coopersmith, Robert; McDuffie, Michael T.; Kapoor, Manish; Uhrich, Christopher A. et al. (2014): tranSMART: An Open Source Knowledge Management and High Content Data Analytics Platform. In: AMIA Joint Summits on Translational Science proceedings. AMIA Joint Summits on Translational Science 2014, S. 96–101.
Canuel, Vincent; Rance, Bastien; Avillach, Paul; Degoulet, Patrice; Burgun, Anita (2015): Translational research platforms integrating clinical and omics data: a review of publicly available solutions. In: Briefings in bioinformatics 16 (2), S. 280–290. DOI: 10.1093/bib/bbu006.