Bioportal

zuletzt aktualisiert
28.12.2023

Themen

Klinische Studien
Biobanken
Molekulare Hochdurchsatz-Analysen
Sekundärnutzung klinischer Daten
Forschungsdatenmanagement
Metadaten und Metadata Repositories

Projektphase

Durchführung & Betrieb

Auf dieser Seite

Bioportal ist einerseits ein Repository für medizinische Terminologien und Ontologien und bietet andererseits Programmierschnittstellen für den Zugriff darauf.

English:
Bioportal is a repository for medical terminologies and ontologies and offers programming interfaces for accessing them.

Produktdetails

Datum der Erstverfügbarkeit
Version/Versionsdatum
6.14.2
Lizenzmodell
BSD 2
Preis
kostenlos
Support
Community
Technische Voraussetzungen
browserbasiert
BioPortal-Startseite
Dokumentation
Homepage des Projekts

Beschreibung

BioPortal verfügt über viele zentral bereitgestellte biomedizinische Ontologien und Terminologien, darunter auch einige, die nicht frei verfügbar sind. Am meisten benutzt werden aktuell MedDRA, SNOMED CT und RxNorm.

BioPortal besitzt einen leistungsfähigen Ontologiebrowser, der sowohl Eigenschaften aller Klassen/Konzepte anzeigt, eine Navigation in der Hierarchie einer Ontologie anbietet (so vorhanden) sowie Mappings eines Konzepts zu anderen Terminologien aufzeigt.

Das Produkt im Einsatz

BioPortal wird als zentrale Instanz von vielen Terminologieservern und Werkzeugen genutzt. Wichtige Anwender sind die National Library of Medicine und die National Institutes of Health. Weitere finden sich auf der Homepage.

Unterstützung

Dokumentation

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Referenzen

  1. Noy NF, Shah NH, Whetzel PL, Dai B, Dorf M, Griffith N, Jonquet C, Rubin DL, Storey MA, Chute CG, Musen MA. BioPortal: ontologies and integrated data resources at the click of a mouse. Nucleic Acids Res. 2009 Jul;37(Web Server issue):W170-3. doi: 10.1093/nar/gkp440.
  2. Whetzel PL, Noy NF, Shah NH, Alexander PR, Nyulas C, Tudorache T, Musen MA. BioPortal: enhanced functionality via new Web services from the National Center for Biomedical Ontology to access and use ontologies in software applications. Nucleic Acids Res. 2011 Jul;39(Web Server issue):W541-5. doi: 10.1093/nar/gkr469.
  3. Salvadores M, Alexander PR, Musen MA, Noy NF. BioPortal as a Dataset of Linked Biomedical Ontologies and Terminologies in RDF. Semant Web. 2013;4(3):277-284.
  4. Ochs C, Perl Y, Geller J, Arabandi S, Tudorache T, Musen MA. An empirical analysis of ontology reuse in BioPortal. J Biomed Inform. 2017 Jul;71:165-177. doi: 10.1016/j.jbi.2017.05.021.

Weitere Merkmale

BioPortal lässt sich über bereitgestellte WebWidgets in eigene Produkte integrieren. Beispielsweise kann man einen Absprung in BioPortal realisieren oder eine Visualisierung in einer Baumstruktur oder als grafisches Netz einbinden.

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