Zusammenfassung
Ansprechperson
Produktdetails
- Ubuntu Server (oder vergleichbar) mit min. 6 GB RAM
- min. 50 GB freier Festplattenspeicher
- Docker und Internetzugriff
- Weitere Infos siehe Checkliste für Administratoren
Beschreibung
Ziel
Die Toolbox for Research stellt eine einfache Möglichkeit zur web-basierten und standortübergreifende Datenerfassung vor allem für kleinere Register und Studien dar, die bislang für die Datenerhebung auf Excel und eine manuelle Pseudonymisierung angewiesen waren.
Generisches Datenmodell
Die Toolbox bietet eine modulare und nachnutzbare Studiendatenbank sowohl für Metadaten in einem integrierten Data Dictionary (D2) als auch für Forschungsdaten in einem Research Repository (R2). Das zugrundeliegende Datenmodell fand bereits im GANI_MED-Projekt Anwendung.
Getrennte Speicherung von Forschungs- und Metadaten
Die Toolbox vereinfacht die separate Speicherung von Forschungs- und Metadaten, da sie wesentliche technische Prozesse (Extraktion, Transformation, Aufbereitung von Forschungsprimärdaten, Export) automatisiert und beliebig um einzelne Module (z.B. zur Qualitätssicherung) als auch um mehrere Datenquellen (Formulare, Geräte, etc.) ergänzt werden kann.
Integration von OpenClinica
Die Toolbox enthält eine direkt nutzbare OpenClinica-Installation, die die Generierung von web-basierten Fragebögen und Metadatenbeschreibungen ermöglicht. Die Definition der Metadaten ist ergänzend auch manuell (per Excel-Vorlage) möglich. Weitere von OpenClinica genutzte Vorteile sind die Verwaltung von Standorten und Nutzern sowie die Vergabe von entsprechenden Rollen und Rechten.
Zentrale Pseudonymisierung und vereinfachte Handhabung
Darüber hinaus wurden in die Toolbox ein Dispatcher-Modul und ein Web-Server integriert. Das Dispatcher-Modul vereinfacht das Anlegen und Suchen von Patienten (anhand von PatientenID und Fallnummer) und steuert die zentrale Vergabe von standort- und projektspezifischen Pseudonymen. Der Web-Server stellt die dafür erforderlichen Web-Oberflächen bereit.
Einheitlicher Export
Ein beispielhaftes Exportmodul aggregiert in Intervallen Metadaten und Forschungsdaten und stellt diese derzeit im SPSS-Format für die Datenauswertung bereit. Automatisierbare Möglichkeiten zur einheitlichen Integration von Gerätedaten in den Datenbestand sind vorgesehen.
Was leistet die Toolbox?
- zentrale Vergabe standort- und studienspezifischer Pseudonyme dank gPAS-Integration
- Suche von Pseudonymen/Depseudonymisierungsfunktion für autorisiertes Personal
- vereinfachtes Anlegen und registrieren von Studienteilnehmern/Patienten dank Dispatcher-Integration
- Formulargenerierung mittels Leitfäden und OpenClinica-Mechanismen
- web-basierte und standort-übergreifende Datenerfassung durch OpenClinica-Integration
- getrennte Speicherung von Metadaten und Forschungsdaten
- Möglichkeit zur Gerätedatenintegration (z.B. im CSV-Format)
- Datenexport im SPSS-Format
- Verlaufsverfolgung von Studienteilnehmern (z.B. bei Standortwechsel), durch Mitführen einer „vorherigen TeilnehmerID“
Das MOSAIC-Projekt
Die Toolbox for Research wurde im Rahmen des DFG-geförderten Projekts "MOSAIC" entwickelt (Fördernummer HO1937/2-1). Das Projekt ist am Institut für Community Medicine der Universitätsmedizin Greifswald, Abteilung Versorgungsepidemiologie und Community Health angesiedelt.
Das Produkt im Einsatz
Verbrennungsregister der Deutschen Gesellschaft für Verbrennungsmedizin (seit 2016)
Referenzen
Thamm O*, Lefering R, Bialke M, Reichert B, Rennekampff H, Lehnhardt M , et al., Establishment of the German Burn Registry - 5 years of prospective data collection, BURNS. 2022. doi:10.1016/j.burns.2022.02.010
Bialke M*, Rau H*, Thamm O, Schuldt R, Penndorf P, Blumentritt A , et al., Toolbox for Research, or How to facilitate a central data management in small-scale research projects. Journal of Translational Medicine. 2018; 16(16). doi:10.1186/s12967-018-1390-1 http://rdcu.be/FynH
Bialke, M., et al., MOSAIC. A modular approach to data management in epidemiological studies. Methods of Information in Medicine, 2015. 54(4): p. 364-371.
TMF Dockerbank Workshop, 2016, Martin Bialke (Universitätsmedizin Greifswald): Vorstellung von Containern u. Orchestrierung am Beispiel der "Toolbox for Research"
Erfahrungsberichte
Unterstützung
Für die Toolbox for Research steht eine umfassende Dokumentation zur Verfügung. Diese beinhaltet bzw. stellt bereit:
- Installation
- Einrichtung
- Betrieb
- Checkliste für Administratoren
- Anwenderhandbuch
- Info Präsentation