Produktdetails

Veröffentlichungsdatum
01.06.2017
Datum der Erstverfügbarkeit
Version
1.2.3
Lizenzmodell
AGPLv3
Preis
kostenlos
Support
Herstellersupport
Technische Voraussetzungen
Ubuntu Server (oder vergleichbar) mit min. 6 GB RAM
min. 50 GB freier Festplattenspeicher
Docker und Internetzugriff
Weitere Infos siehe Checkliste für Administratoren
DOI
10.1186/s12967-018-1390-1

Beschreibung

Ziel

Die Toolbox for Research stellt eine einfache Möglichkeit zur web-basierten und standortübergreifende Datenerfassung vor allem für kleinere Register und Studien dar, die bislang für die Datenerhebung auf Excel und eine manuelle Pseudonymisierung angewiesen waren.

Generisches Datenmodell

Die Toolbox bietet eine modulare und nachnutzbare Studiendatenbank sowohl für Metadaten in einem integrierten Data Dictionary (D2) als auch für Forschungsdaten in einem Research Repository (R2). Das zugrundeliegende Datenmodell fand bereits im GANI_MED-Projekt Anwendung.

Getrennte Speicherung von Forschungs- und Metadaten

Die Toolbox vereinfacht die separate Speicherung von Forschungs- und Metadaten, da sie wesentliche technische Prozesse (Extraktion, Transformation, Aufbereitung von Forschungsprimärdaten, Export) automatisiert und beliebig um einzelne Module (z.B. zur Qualitätssicherung) als auch um mehrere Datenquellen (Formulare, Geräte, etc.) ergänzt werden kann.

Integration von OpenClinica

Die Toolbox enthält eine direkt nutzbare OpenClinica-Installation, die die Generierung von web-basierten Fragebögen und Metadatenbeschreibungen ermöglicht. Die Definition der Metadaten ist ergänzend auch manuell (per Excel-Vorlage) möglich. Weitere von OpenClinica genutzte Vorteile sind die Verwaltung von Standorten und Nutzern sowie die Vergabe von entsprechenden Rollen und Rechten.

Zentrale Pseudonymisierung und vereinfachte Handhabung

Darüber hinaus wurden in die Toolbox ein Dispatcher-Modul und ein Web-Server integriert. Das Dispatcher-Modul vereinfacht das Anlegen und Suchen von Patienten (anhand von PatientenID und Fallnummer) und steuert die zentrale Vergabe von standort- und projektspezifischen Pseudonymen. Der Web-Server stellt die dafür erforderlichen Web-Oberflächen bereit.

Einheitlicher Export

Ein beispielhaftes Exportmodul aggregiert in Intervallen Metadaten und Forschungsdaten und stellt diese derzeit im SPSS-Format für die Datenauswertung bereit. Automatisierbare Möglichkeiten zur einheitlichen Integration von Gerätedaten in den Datenbestand sind vorgesehen.

Was leistet die Toolbox?

  • zentrale Vergabe standort- und studienspezifischer Pseudonyme dank gPAS-Integration
  • Suche von Pseudonymen/Depseudonymisierungsfunktion für autorisiertes Personal
  • vereinfachtes Anlegen und registrieren von Studienteilnehmern/Patienten dank Dispatcher-Integration
  • Formulargenerierung mittels Leitfäden und OpenClinica-Mechanismen
  • web-basierte und standort-übergreifende Datenerfassung durch OpenClinica-Integration
  • getrennte Speicherung von Metadaten und Forschungsdaten
  • Möglichkeit zur Gerätedatenintegration (z.B. im CSV-Format)
  • Datenexport  im SPSS-Format
  • Verlaufsverfolgung von Studienteilnehmern (z.B. bei Standortwechsel), durch Mitführen einer „vorherigen TeilnehmerID“

Das MOSAIC-Projekt

Logo MOSAIC-ProjektDie Toolbox for Research wurde im Rahmen des DFG-geförderten Projekts "MOSAIC" entwickelt (Fördernummer HO1937/2-1). Das Projekt ist am Institut für Community Medicine der Universitätsmedizin Greifswald, Abteilung Versorgungsepidemiologie und Community Health angesiedelt.

Das Produkt im Einsatz

Verbrennungsregister der Deutschen Gesellschaft für Verbrennungsmedizin (seit 2016)

Unterstützung

Für die Toolbox for Research steht eine umfassende Dokumentation zur Verfügung. Diese beinhaltet bzw. stellt bereit:

  • Installation
  • Einrichtung
  • Betrieb
  • Checkliste für Administratoren
  • Anwenderhandbuch
  • Info Präsentation

Erfahrungsberichte

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Referenzen

Bialke M*, Rau H*, Thamm O, Schuldt R, Penndorf P, Blumentritt A , et al., Toolbox for Research, or How to facilitate a central data management in small-scale research projects. Journal of Translational Medicine. 2018; 16(16). doi:10.1186/s12967-018-1390-1 http://rdcu.be/FynH

Bialke, M., et al., MOSAIC. A modular approach to data management in epidemiological studies. Methods of Information in Medicine, 2015. 54(4): p. 364-371.

TMF Dockerbank Workshop,  2016, Martin Bialke (Universitätsmedizin Greifswald): Vorstellung von Containern u. Orchestrierung am Beispiel der "Toolbox for Research"

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