FHIR-PYrate

Dieses Produkt wird entwickelt und bereitgestellt von SHIP-AI
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zuletzt aktualisiert: 16.09.2024
Das Python-Package FHIR-PYrate stellt eine High-Level-API zur Abfrage von FHIR-Servern und zur Rückgabe der strukturierten Informationen als Pandas DataFrames bereit. Zudem bietet es die Funktionalität, unterschiedliche Ressourcen mit RegEx und SpaCy zu filtern und DICOM-Studien und -Serien herunterzuladen.

English:
The Python package FHIR-PYrate provides a high-level API for querying FHIR servers and returning the structured information as Pandas DataFrames. It also provides the functionality to filter different resources with RegEx and SpaCy and to download DICOM studies and series.

Ansprechperson

Giulia Baldini
Institut für Künstliche Intelligenz in der Medizin
Universitätsmedizin Essen

Produktdetails

Datum der Erstverfügbarkeit
Version / Versionsdatum
v0.2.1/03.11.2023
Lizenzmodell
MIT license
Preis
kostenlos
Support
Community
Technische Voraussetzungen
  • Python 3.7+ (Version 0.1.0)
  • Python 3.8+ (Version 0.2.0+)
DOI
10.5281/zenodo.7025226
PyPI
Dokumentation und Lizenzbestimmungen
GitHub

Beschreibung

FHIR-PYrate ist ein Python-Paket, das den gesamten Prozess der Erfassung und Extraktion klinischer Daten begleitet. Das Paket kann bestehende Prozesse in der klinischen Forschungsumgebung verbessern und vereinfachen. Es fasst alle benötigten Funktionalitäten in einer einfachen Schnittstelle zusammen, die zur Abfrage eines FHIR-Servers, zum Herunterladen von DICOM-Studien und zum Filtern klinischer Dokumente verwendet werden kann. Die Abfragen sind für alle Ressourcen standardisiert, was die Anpassung an jeden Anwendungsfall erleichtert. Zusätzlich sind wertvolle Funktionen wie Parallelisierung und Filterung enthalten, um die Leistung zu erhöhen.

Das Produkt im Einsatz

FHIR-PYrate wird vom Datenintegrationszentrum des UK Essen für Forschungsprojekte und für Datenexporte für Forschungszwecke verwendet.

Referenzen

Hosch, René, Baldini, Giulia, Parmar, Vicky, Borys, Katarzyna, Koitka, Sven, Engelke, Merlin, Arzideh, Kamyar, Ulrich, Moritz, & Nensa, Felix. (2023). FHIR-PYrate: A Data Science Friendly Python Package to Query FHIR Servers (v0.2.0). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.7333822

Erfahrungsberichte

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